Pengembangan Pemeriksaan Kualitatif Multipleks PCR BCR-ABL sebagai metode diagnostik Penderita CML (Chronic Myeloid Leukemia)
No Thumbnail Available
Date
2023-09-17
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Ketersediaan kit komersial untuk mendeteksi tipe fusi gen BCR-ABL pada CML (Chronic Myeloid Leukemia) masih terbatas. Pada umumnya kit komersial yang tersedia adalah quantitative RT-PCR yang mendeteksi tipe fusi gen e13a2 dan e14a2, namun tidak dapat mendeteksi tipe fusi gen minor dan tidak dapat membedakan dua tipe fusi gen mayor. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode PCR multipleks untuk mengidentifikasi tipe fusi gen BCR-ABL pada pasien CML dan mengkarakterisasi tipe fusi gen di RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung. Primer dirancang untuk mengamplifikasi empat tipe fusi gen BCR-ABL. Multiplex Touchdown (TD)-PCR dioptimasi menggunakan positif control berupa DNA sintesis. Empat puluh lima sampel RNA dari pasien CML digunakan untuk mensisntesis cDNA. Identifikasi BCR-ABL dilakukan menggunakan Multiplex Touchdown (TD)-PCR dan divalidasi dengan Sanger sekuensing. Metode multiplex TD-PCR telah berhasil mengamplifikasi empat tipe fusi gen BCR-ABL dan produk PCR telah dikonfirmasi menggunakan Sanger sekuensing. Limit deteksi untuk e13a2 dan e14a2 adalah 10 fg/µL dan 100 fg/µL untuk e1a2 dan e19a2. Dari 45 sampel RNA, 29 terkonfirmasi positif. Tipe fusi gen e14a2 ditemukan sebanyak 68,9% dari total sampel positif, dilanjutkan tipe fusi gen e13a2 sebanyak 27,6% dari total sampel positif. Tipe fusi gen e19a2 teridentifikasi sebanyak 3,4% dari total sampel positif. Tidak ditemukan pasien yang mengekspresikan tipe fusi gen e1a2 atau co-ekspresi tipe fusi gen e14a2/e13a2. Multiplex TD PCR yang dapat mendeteksi empat tipe fusi gen telah berhasil dikembangkan. Tipe fusi gen e14a2 lebih banyak ditemukan dibanding tipe fusi gen e13a2.
Kata Kunci: Chronic Myeloid Leukemia, Multiplex, Polymerase chain reaction, Transcript type.
Description
Keywords
Chronic Myeloid Leukemia, Multipleks, Polymerase Chain Reaction