Analisis Polimorfisme pada Patin Konsumsi dan Hias Menggunakan Primer RAPD
No Thumbnail Available
Date
2014-07-08
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
ABSTRAK
Afa Soraya (Dibimbing oleh Ibnu Dwi Buwono dan Yeni Mulyani), 2014. Analisis Polimorfisme Pada Patin Konsumsi Dan Hias Menggunakan Primer RAPD.
Penelitian mengenai analisis polimorfisme pada patin konsumsi (siam, jambal, dan pasupati) dan patin hias (giant mekong dan genghis khan) dilakukan menggunakan primer RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) untuk melihat keragaman genetik dan tingkat kekerabatan, yang dilaksanakan sejak bulan Maret hingga Mei 2014. Metode eksploratif digunakan dalam penelitian dan data dianalisis secara deskriptif kualitatif. Fragmen polimorfik yang tervisualisasi dari produk amplifikasi menggunakan primer RAPD merupakan parameter yang diamati. Isolasi DNA patin menggunakan Wizard® Genomic DNA Purification Kit dan amplifikasi menggunakan primer OPA-2 (5’-TGCCGAGCTG-3’) dan OPA-3 (5’-AGTCAGCCAC-3’) sebagai primer terseleksi. Hubungan kekerabatan patin uji disajikan dalam bentuk fenogram dengan menggunakan program NTSYSpc. Hasil analisis fenogram dari primer OPA-2 menunjukkan patin siam Cijengkol dan patin siam Subang memiliki indeks kekerabatan 92%, patin jambal Cirata dengan kedua sampel patin siam sebesar 77%, patin pasupati Subang dengan ketiga sampel tersebut sebesar 60%, sedangkan patin giant mekong dan patin genghis khan membentuk kelompok tersendiri dengan indeks kekerabatan 27% serta 13% dengan 4 sampel lainnya. Hasil fenogram dari primer OPA-3 menunjukkan kedua sampel patin siam memiliki indeks kekerabatan 97%, patin pasupati Subang dengan kedua patin siam sebesar 84%, patin jambal dengan ketiga sampel tersebut sebesar 68%, patin giant mekong dengan keempat sampel tersebut sebesar 48%, dan patin genghis khan dengan kelima sampel sebesar 40%. Primer OPA-3 lebih tepat mendeteksi kekerabatan diantara sampel patin uji dibandingkan Primer OPA-2.
Description
Keywords
polimorfisme, primer RAPD, patin konsumsi dan hias