IDENTIFIKASI SPESIES NON-TUBERCULOUS MYCOBACTERIA (NTM) MENGGUNAKAN FRAGMEN ITS 16S-23S rRNA
No Thumbnail Available
Date
2023-08-04
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Beberapa penelitian telah menunjukkan bahwa tingkat isolasi spesies NTM meningkat di seluruh dunia dan dengan cepat menjadi masalah utama kesehatan masyarakat. NTM dapat menyebabkan infeksi paru kronik seperti TB dan pengobatannya harus berdasarkan pada spesies spesifik NTM. Oleh karena itu, identifikasi bakteri NTM pada tingkat spesies menjadi kebutuhan mendesak saat ini.
Tiga puluh empat isolat klinis beku suspek NTM diekstraksi dan diamplifikasi menggunakan gen target ITS 16S-23S rRNA (ITS). Amplikon tersebut kemudian disekuensing, diedit dan dianalisa menggunakan basis data GenBank di NCBI. Hasil sekuensing fragmen ITS dibandingkan dengan hasil gen sodA dan diklasifikasikan ke dalam grup/kompleks. Hasil penelitian menunjukkan bahwa M. fortuitum kompleks paling banyak teridentifikasi (34,78%), diikuti oleh M. abscessus kompleks (17,39%). Terdapat empat diskrepansi, lima isolat spesies M. tuberculosis, dan satu isolat tidak teridentifikasi. Dari penelitian ini disusun suatu algoritma untuk identifikasi spesies NTM dengan menggunakan fragmen ITS dan target lainnya.
Fragmen ITS dapat digunakan untuk mengidentifikasi spesies NTM. Namun, menggunakan dua atau lebih target untuk mengidentifikasi spesies NTM merupakan cara pendekatan yang lebih baik. Mengklasifikasikan hasil ke dalam grup/kompleks akan memfasilitasi pengambilan keputusan yang lebih baik untuk menentukan terapi. Studi ini menunjukkan distribusi spesies NTM penyebab infeksi paru di Jawa Barat dan diharapkan dapat meningkatkan kesadaran akan infeksi mirip TB serta mengembangkan strategi baru untuk mengembangkan diagnosis yang lebih baik dan pengobatan yang tepat.
Description
Keywords
Identifikasi spesies, NTM, fragmen ITS16S-23S rRNA