Bioteknologi (S2)

Permanent URI for this collection

https://repository.unpad.ac.id/handle/kandaga/170

Browse

Browsing Bioteknologi (S2) by Author "Muhammad Yusuf"

Now showing 1 - 3 of 3
  • No Thumbnail Available
    Item
    Desain Struktur Mutan α-Amilase Saccharomycopsis fibuligera R64 untuk Meningkatkan Adsorptivitasnya terhadap Substrat dengan Menggunakan Metode Bioinformatika
    (2018-07-13) UMI BAROROH; Toto Subroto; Muhammad Yusuf
    a-Amilase merupakan salah satu enzim penting yang digunakan pada industri berbasis pati. Pada prosesnya, suhu tinggi dibutuhkan untuk memecah molekul pati sehingga meningkatkan biaya produksi. Tingginya adsorptivitas a-amilase terhadap substrat diketahui dapat menurunkan suhu hidrolisis. Modul pengikat karbohidrat (CBM) dan/atau sisi pengikatan di permukaan (SBS) merupakan dua bagian penting yang bertanggung jawab pada pengikatan substrat. a-Amilase Saccharomycopsis fibuligera R64 (Sfamy R64), enzim asal Indonesia, diketahui memiliki aktivitas amilolitik yang tinggi namun memiliki adsorptivitas yang rendah terhadap substrat. Penelitian ini bertujuan untuk merancang mutan Sfamy R64 agar memiliki adsorptivitas yang lebih baik dengan menambahkan SBS pada strukturnya menggunakan metode bioinformatika. Perilaku struktural Sfamy R64 dan kontrol positif (a-amilase Aspergillus niger) dipelajari menggunakan simulasi dinamika molekul (DM). Setelah itu, mutan Sfamy R64 dirancang untuk memiliki SBS yang stabil dengan meniru kontrol positif. Afinitas substrat dievaluasi menggunakan metode MM/GBSA. Mutan Sfamy R64 dengan konstruksi S383Y/S386W/N421G/S278N/A281K/Q384K/K398R dan insersi G400_S401insTDGS stabil selama simulasi dan substrat dapat terikat hingga 55 ns. Mutan dan kontrol positif memiliki perilaku SBS serupa dan energi interaksi pada natif, mutan, dan kontrol positif masing-masing -5,2; -8,2; dan -17,6 kkal/mol. Peningkatan pengikatan substrat yang terjadi pada mutan ini berpotensi untuk diuji pada laboratorium.
  • No Thumbnail Available
    Item
    PENGEMBANGAN AWAL ALAT UJI CEPAT COVID-19 BERBASIS DETEKSI NUKLEOCAPSID PADA SAMPEL SALIVA UNTUK PENGUJIAN MANDIRI
    (2022-11-02) SITI SOIDAH; Muhammad Yusuf; Toto Subroto
    Lebih dari 6 juta orang meninggal karena pandemi virus corona (COVID-19). Penyakit ini menyebar dengan cepat karena sifatnya yang sangat menular. Penularan virus SARS-CoV-2 yang menyebabkan penyakit ini dapat melalui tetesan saliva yang dikeluarkan oleh orang yang terinfeksi ketika jarak sosial kurang dari 1 meter. Oleh karena itu, saliva telah dikategorikan sebagai spesimen alternatif untuk mendeteksi COVID-19 oleh Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit (CDC). Selanjutnya, WHO merekomendasikan penggunaan tes antigen cepat berdasarkan aliran lateral immunoassay ketika akses terhadap reaksi rantai transkripsi-polimerase terbalik (RT-PCR) terbatas. Tes uji cepat antigen berbasis saliva dikembangngkan dengan mengoptimalkan konsentrasi antibodi dan pH untuk konjugasi antibodi dan nanopartikel emas. Formulasi running buffer terbaik ditemukan terdiri dari 75 mM buffer natrium fosfat, 1% NaCl, 1% Triton X-100, N-Acetyl-L-Cysteine 0,5%, dan sodium azida 0,02%. Penambahan N-Acetyl-L-Cysteine dalam buffer dapat menurunkan viskositas saliva, sehingga meningkatkan sensitivitas. Alat uji cepat yang dikembangkan mendeteksi konsentrasi protein nukleokapsid paling sedikit pada 0,1 g/mL. Dalam studi ditemukan alat uji cepat antigen berbasis saliba memiliki spesifisitas 100% terhadap saliva yang sudah terkonfirmasi COVID-19 negatif dan tidak terjadi reaksi silang dengan hemagglutinin virus flu burung.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Simulasi Coarse Grained Molecular Dynamics (CG-MD) untuk Mempelajari Efek Mutasi Struktur Protein Spike SARS-CoV-2 di Indonesia Sebagai Bagian dari Upaya Genomic Surveillence CoViD-19
    (2022-10-26) FAUZIAN GIANSYAH ROHMATULLOH; Ari Hardianto; Muhammad Yusuf
    Pandemi Corona Virus Disease 19 (COVID-19) telah menyerang seluruh negara di dunia termasuk Indonesia dan menjadi isu Kesehatan global, setelah 2 tahun lamanya telah bermunculan berbagai jenis vaksin untuk mengurangi penyebaran COVID-19. Namun virus dari COVID-19 yaitu Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 atau SARS-CoV-2 terus mengalami mutasi terutama pada protein Spike yang berperan dalam masuknya virus kedalam hostnya. SARS-CoV-2 terus mengalami mutasi hingga memunculkan berbagai Varian of Concern seperti varian Delta dan varian Omicron yang paling terbaru. Penelitian ini bertujuan untuk memetakan mutasi yang ada di Indonesia, mengetahui efek mutasi terutama pada varian Delta dan Omicron terhadap transmibility dan antibodi netralisasi. Langkah pertama dari penelitian ini ialah memodelkan protein Spike natif, varian delta dan varian omicron kemudian simulasi dinamika molekul Coarse Grained protein spike beserta simulasi RBD dan reseptor ACE2 dan antibodi netralisasi dari vaksin astrazeneka. Hasil simulasi menunjukkan jika terdapat fluktuasi yang tinggi pada RBD varian Omicron akibat adanya mutasi pada daerah tersebut yang menyebabkan meningkatnya interaksi dengan reseptor ACE2 namun mengurangi interaksi dengan antibodi netralisasi. Hasil penelitian ini dapat memberikan informasi terkait efek mutasi yang terjadi sehingga dapat membantu dalam pengembangan desain vaksin yang baru.