EKSPLORASI POTENSI KLUSTER GEN PEPTIDA ANTIMIKROBA Geobacillus thermoleoverans BERASAL DARI KAWAH GUNUNG KAMOJANG TERHADAP Streptococcus (Suatu Studi Awal Untuk Mendapatkan Kandidat Antibakteri dan An
No Thumbnail Available
Date
2019
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Pendahuluan: Bakteri termofilik merupakan bakteri yang memiliki toleransi tinggi terhadap panas karena memiliki sistem enzim yang khas sehingga bakteri masih tetap tumbuh pada suhu 50°C-60°C. Bakteri termofilik yang banyak dieksploitasi adalah genus Geobacillus. Bakteri ini banyak ditemukan di sumber air panas kawah gunung termasuk gunung di Jawa Barat. Geobacillus merupakan penghasil peptida antimikroba atau bakteriosin yang sangat baik. Peptida antimikroba (AMP) mampu membunuh mikroba tanpa seleksi melalui pembentukan pori pada membran sel yaitu suatu mekanisme yang secara inheren sangat sulit dihindari oleh mikroba untuk mengembangkan resistensi. Penelitian ini bertujuan menguji aktivitas antimikroba isolat Geobacillus dari Kawah Gunung Kamojang, mengidentifikasi gen pengode AMP yang dihasilkannya secara bioinformatika, dan mengkloningnya ke dalam E. coli DH5α. Metode: Sampel penelitian sebanyak 6 sampel adalah bakteri termofilik yang diisolasi dari Kawah Gunung Kamojang, yang telah terindentifikasi sebagai Geobacillus yaitu Tm6Sp1, Tm6Sp5, GE, Tm6T2(a), Lb6Sp2, dan Tm6T2 (ser). Uji aktivitas antimikroba supernatan bakteri termofilik terhadap patogen Gram-positif S. mutans ATCC 25175 dilakukan dengan metode difusi cakram. Identifikasi gen pengode AMP dilakukan dengan menggunakan web server BAGEL4 yang hasilnya kemudian dikonfirmasi ke platform antiSMASH untuk melihat struktur klusterisasinya. Penggunaan kedua perangkat bioinformatika ini dilakukan dengan mengunduh genom bakteri sampel dari NCBI diikuti dengan mengunggahnya ke dalam perangkat bioinformatika tersebut. Sekuen gen pengode yang didapat dari perangkat bioinformatika digunakan untuk merancang primer guna mengamplifikasi gen pengode sampel dengan PCR, disekuensing, dan dilakukan BLAST ke NCBI untuk mengetahui klasifikasi gen pengode AMP sampel. Selanjutnya, gen pengode AMP sampel dikloning ke dalam sel E. coli DH5α dengan menggunakan vektor pJET1.2. Hasil kloning dikonfirmasi melalui PCR koloni, uji restriksi, dan sekuensing. Hasil: Semua sampel menunjukkan aktivitasnya terhadap S. mutans terlihat dari zona hambat yang terbentuk, dan sampel TM6Sp1 membentuk zona hambat yang paling besar, yaitu 7,96 mm. Identifikasi gen pengode AMP mendapatkan bahwa semua sampel Geobacillus memiliki gen pengode lantipeptida subkelas A yang merupakan kluster gen. Geobacillus thermoleoverans terkonfirmasi memiliki gen pengode AMP yang terdiri atas LanA (231 pb), LanB (3141 pb), dan LanC (1308 pb). Berdasarkan PCR koloni, Uji restriksi, dan sekuensing terkonfirmasi bahwa ketiga gen tersebut masing-masing berhasil dikloning ke dalam sel inang E. coli DH5α dengan menggunakan vektor pJET 1.2. Kesimpulan: Bakteri termofilik Geobacillus thermoleoverans yang diisolasi dari Kawah Gunung Kamojang memiliki aktivitas antimikroba terhadap S. mutans ATCC 25175 dengan kriteria sedang karena memiliki gen pengode lantipeptida subkelas A yang berupa kluster gen. Gen pengode AMP bakteri termofilik Geobacillus thermoleoverans yang diisolasi dari Kawah Gunung Kamojang berhasil dikloning dan disekuenssing, hasilnya dinamakan pJET-LanA, pJET-lanB, dan pJET-lanC.
Description
Keywords
Kluster Gen, Peptida Antimikroba, Geobacillus thermoleoverans