Bioteknologi (S3)
Permanent URI for this collection
Browse
Recent Submissions
Item EKSPLORASI POTENSI KLUSTER GEN PEPTIDA ANTIMIKROBA Geobacillus thermoleoverans BERASAL DARI KAWAH GUNUNG KAMOJANG TERHADAP Streptococcus (Suatu Studi Awal Untuk Mendapatkan Kandidat Antibakteri dan An(2019) EMMA RACHMAWATI; Toto Subroto; Ratu SafitriPendahuluan: Bakteri termofilik merupakan bakteri yang memiliki toleransi tinggi terhadap panas karena memiliki sistem enzim yang khas sehingga bakteri masih tetap tumbuh pada suhu 50°C-60°C. Bakteri termofilik yang banyak dieksploitasi adalah genus Geobacillus. Bakteri ini banyak ditemukan di sumber air panas kawah gunung termasuk gunung di Jawa Barat. Geobacillus merupakan penghasil peptida antimikroba atau bakteriosin yang sangat baik. Peptida antimikroba (AMP) mampu membunuh mikroba tanpa seleksi melalui pembentukan pori pada membran sel yaitu suatu mekanisme yang secara inheren sangat sulit dihindari oleh mikroba untuk mengembangkan resistensi. Penelitian ini bertujuan menguji aktivitas antimikroba isolat Geobacillus dari Kawah Gunung Kamojang, mengidentifikasi gen pengode AMP yang dihasilkannya secara bioinformatika, dan mengkloningnya ke dalam E. coli DH5α. Metode: Sampel penelitian sebanyak 6 sampel adalah bakteri termofilik yang diisolasi dari Kawah Gunung Kamojang, yang telah terindentifikasi sebagai Geobacillus yaitu Tm6Sp1, Tm6Sp5, GE, Tm6T2(a), Lb6Sp2, dan Tm6T2 (ser). Uji aktivitas antimikroba supernatan bakteri termofilik terhadap patogen Gram-positif S. mutans ATCC 25175 dilakukan dengan metode difusi cakram. Identifikasi gen pengode AMP dilakukan dengan menggunakan web server BAGEL4 yang hasilnya kemudian dikonfirmasi ke platform antiSMASH untuk melihat struktur klusterisasinya. Penggunaan kedua perangkat bioinformatika ini dilakukan dengan mengunduh genom bakteri sampel dari NCBI diikuti dengan mengunggahnya ke dalam perangkat bioinformatika tersebut. Sekuen gen pengode yang didapat dari perangkat bioinformatika digunakan untuk merancang primer guna mengamplifikasi gen pengode sampel dengan PCR, disekuensing, dan dilakukan BLAST ke NCBI untuk mengetahui klasifikasi gen pengode AMP sampel. Selanjutnya, gen pengode AMP sampel dikloning ke dalam sel E. coli DH5α dengan menggunakan vektor pJET1.2. Hasil kloning dikonfirmasi melalui PCR koloni, uji restriksi, dan sekuensing. Hasil: Semua sampel menunjukkan aktivitasnya terhadap S. mutans terlihat dari zona hambat yang terbentuk, dan sampel TM6Sp1 membentuk zona hambat yang paling besar, yaitu 7,96 mm. Identifikasi gen pengode AMP mendapatkan bahwa semua sampel Geobacillus memiliki gen pengode lantipeptida subkelas A yang merupakan kluster gen. Geobacillus thermoleoverans terkonfirmasi memiliki gen pengode AMP yang terdiri atas LanA (231 pb), LanB (3141 pb), dan LanC (1308 pb). Berdasarkan PCR koloni, Uji restriksi, dan sekuensing terkonfirmasi bahwa ketiga gen tersebut masing-masing berhasil dikloning ke dalam sel inang E. coli DH5α dengan menggunakan vektor pJET 1.2. Kesimpulan: Bakteri termofilik Geobacillus thermoleoverans yang diisolasi dari Kawah Gunung Kamojang memiliki aktivitas antimikroba terhadap S. mutans ATCC 25175 dengan kriteria sedang karena memiliki gen pengode lantipeptida subkelas A yang berupa kluster gen. Gen pengode AMP bakteri termofilik Geobacillus thermoleoverans yang diisolasi dari Kawah Gunung Kamojang berhasil dikloning dan disekuenssing, hasilnya dinamakan pJET-LanA, pJET-lanB, dan pJET-lanC.Item EFEK PENCUKURAN DAN PEMBERIAN ASCORBYL PALMITATE TERHADAP PROFIL FISIOLOGIS, HEMATOLOGIS, BIOKIMIA DARAH, CEKAMAN OKSIDATIF DAN KADAR HSP70 PADA DOMBA PADJADJARAN(2022-01-21) AHMAD TAOFIK; Muhammad Yusuf; Ani Melani MaskoenIndonesia memiliki temperatur yang sangat panas dan kelembaban yang tinggi sehingga kurang menguntungkan bagi ternak domba yang tubuhnya ditumbuhi bulu yang tebal. Pencukuran memperbesar dan mempercepat pembuangan panas dari tubuh domba, pemberian antioksidan membantu mengurangi pengaruh negative peroduksi radikal bebas yang berlebihan. Asam askorbat sudah popular sebagai antioksidan namun mudah terurai ketika masuk ke alat pencrnaan ternak ruminansia, Ascorbyl palmitate merupakan asam askorbat dalam bentuk ester yang tidak larut dalam air. Penelitian bertujuan untuk menganalisis pengaruh pencukuran dan pemberian antioksidan ascorbyl palmitate terhadap profil fisiologis, hematologis, biokimia darah, antioksidan enzimatis dan ekspresi HSP70 pada domba Padjadjaran yang diberi cekaman panas. Perlakuan pencukuran terdiri atas tidak dicukur (c0) dan dicukur (c1), perlakuan pemberian antioksidan ascorbyl palmitate terdiri atas tidak diberi (a0) dan diberi (a1). Domba objek penelitian perlakuan pencukuran, bulunya dipotong hingga panjangnya tersisa ± 10 mm, dan domba objek penelitian pemberian antioksidan diberi ascorbyl palmitate dengan takaran 400 mg ekor-1 hari-1. Kombinasi perlakuan tidak dicukur – tidak diberi antioksidan ascorbyl palmitate (c0a0), hanya dicukur (c1a0), hanya diberi antiok-sidan ascorbyl palmitate (c0a1), dan dicukur – diberi antioksidan ascorbyl palmitate (c1a1). Cekaman panas diberikan dengan cara menjemur domba dibawah terik matahari. Respon yang diamati dan dianalisis adalah profil fisiologi, profil hematologi, profil biokimia darah, profil antioksidan endogen dan MDA, serta ekspresi HSP70. Profil fisiologis yang diukur adalah frekuensi pernafasan, denyut nadi dan temperature rektal; profil hematologi terdiri atas eritrosit, hemoglobin, hematocrit, leukosit, MCV, MCH dan MCHC; profil biokimia darah terdiri atas gadar gula darah, kolesterol dan protein total, profil antioksidan endogen terdiri atas super oksid dismutase (SOD), katalase (CAT) glutation peroksidase (GPx) dan MDA; ekspresi HSP70 dianalisis kadar HSP70 dalam plasma darah. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pencukuran bulu berpengaruh nyata (p0,05) terhadap kadar HSP70 pada domba Padjadjaran yang menerima cekaman panas. Kesimpulan dari penelitian ini, perlakuan pencukuran dan pemberian Ascorbyl palmitate, baik secara mandiri maupun kombinasi, memberikan pengaruh menguntungkan bagi ternak domba Padjadjaran.Item Desain dan Modifikasi Permukaan Graphene Quantum Dots(GQD) Menggunakan Pendekatan Kuantum Semi-empiris untuk Aplikasi Biosensor(2023-09-28) SETIANTO; I Made Joni; Camellia PanataraniGraphene quantum dots (GQD) adalah struktur nano berukuran kecil yang terbentuk dari fragmen graphene, dengan sifat-sifat elektronik dan optik yang sangat menarik. Dalam penelitian ini, digunakan pendekatan kuantum semi-empiris dalam melakukan desain dan modifikasi permukaan GQD untuk aplikasi biosensor. Pendekatan semi-empiris memungkinkan pemodelan sifat-sifat elektronik dan optik dari GQD dan mampu memprediksi perubahan yang terjadi setelah modifikasi. Kami menemukan bahwa sifat-sifat kluster GQD, seperti bentuk, dan struktur tepi, mempengaruhi energi ionisasi dan afinitas elektron. Sebagai contoh, molekul GQD dengan bentuk belah ketupat (C30H14, dibenzo[bc,kl]coronene) memiliki karakteristik kerapatan elektron yang tinggi dan energi ionisasi yang rendah, sehingga berpotensi sebagai molekul donor. Selanjutnya, kami melakukan analisis FTIR pada GQD yang difungsionalisasi dengan gugus tertentu dan mengungkapkan transisi elektronik yang terkait dengan pergeseran puncak eksitasi. Transisi π → π* dari ikatan C=C aromatik dan transisi n → π* dari ikatan C–O memainkan peran penting dalam proses absorpsi dan emisi GQD. Hal ini memberikan wawasan yang lebih dalam tentang mekanisme luminesensi GQD. Kami juga melakukan modifikasi permukaan GQD yang dipasivasi menggunakan gugus –OH dan –NH2. Hasilnya menunjukkan bahwa GQD dengan gugus –OH berperan sebagai fluorofor donor, sementara GQD dengan gugus –NH2 berperan sebagai fluorofor akseptor. Oleh karena itu, pasangan yGQD – rGQD dipilih sebagai fluorofor untuk teknik FRET (Förster resonance energy transfer) karena memiliki integral spektral tumpang tindih yang kuat. Temuan kami ini menunjukkan bahwa GQD yang didesain dan dimodifikasi menggunakan pendekatan kuantum semi-empiris memiliki potensi besar dalam aplikasi biosensor.Item STUDI MODIFIKASI PERMUKAAN DENTAL MAGNETIC ATTACHMENT SEBAGAI RETAINER OVERDENTURE YANG TAHAN TERHADAP KOROSI DAN PENURUNAN GAYA TARIK MAGNET(2023-09-27) AN-NISSA KUSUMADEWI; Lisda Damayanti; RisdianaABSTRAK Dental magnetic attachment (DMA) dapat mengalami korosi dan penurunan gaya tarik magnet. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dan mengevaluasi pengaruh cuka pempek (pH 3,8), air madu (pH 5,8), dan air mineral (pH 7,5) terhadap DMA. Pelapisan DMA menggunakan Polytetrafluoroethylene (PTFE) dan varnish bertujuan untuk meningkatkan daya tahan DMA terhadap korosi dan penurunan gaya tarik magnet. Sampel berupa Magfit DX 600 berjumlah 45 buah. Sampel terbagi menjadi kelompok perlakuan dan kontrol tanpa perendaman. Masing-masing terdiri dari kelompok non coating, coating PTFE, dan coating varnish. DMA pada kelompok perlakuan direndam di dalam larutan pH 3,8 selama 7 dan 14 hari. Perendaman DMA pada larutan pH 5,8 dan pH 7,5 dilakukan selama 14 hari. Setelah perendaman, DMA dianalisis menggunakan SEM dan uji AAS untuk mengetahui korosi. Gaya tarik magnet diuji menggunakan Universal Testing Machine. Analisis SEM menunjukkan permukaan DMA non coating yang telah direndam dalam larutan pH 3,8, pH 5,8, dan pH 7,5 mengalami korosi. Uji AAS menunjukkan larutan pH 3,8 yang merendam DMA non coating lebih banyak mengalami perubahan jumlah Fe dibandingkan dengan larutan pH 3,8 yang merendam DMA coating PTFE dan varnish. Gaya tarik DMA non coating setelah perendaman pada larutan pH 3,8, pH 5,8, dan pH 7,5 mengalami penurunan yang signifikan dibandingkan dengan DMA kontrolnya (p0,05). Terdapat perbedaaan yang signifikan antara gaya tarik magnet setelah perendaman pada DMA non coating dibandingkan dengan gaya tarik magnet pada DMA coating PTFE (p<0,05) dan varnish (p<0,05). Larutan perendam dengan kadar pH 3,8, pH 5,8 dan pH 7,5 dapat menyebabkan korosi dan penurunan gaya tarik magnet pada DMA non coating sebesar 21,89-33,39%. Modifikasi permukaan DMA menggunakan masing-masing bahan PTFE dan varnish dapat mencegah korosi dan penurunan gaya tarik magnet.Penurunan gaya tarik magnet setelah dilapisi PTFE adalah sebesar 2,59-7,43% dan setelah dilapisi varnish sebesar 0,22-0,72%. Kata kunci: DMA, gaya tarik magnet, korosi, PTFE, varnish