MOLEKULAR MODELING SENYAWA TURUNAN PIRAZOLIN SERTA PREDIKSI ADMET DAN LIPINSKI RULE OF FIVE SEBAGAI ANTIVIRUS TERHADAP RNA-DEPENDENT-RNA-POLIMERASE SARS-CoV-2
No Thumbnail Available
Date
2019
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Pandemi COVID-19 yang menjadi krisis Kesehatan dunia terjadi akibat penularan virus SARS-CoV2 hingga saat ini masih terjadi dengan banyaknya varian virus baru yang bermutasi. Oleh sebab itu, diperlukan adanya pengembangan obat maupun vaksin yang dapat mengendalikan mutasi virus. Salah satunya dengan mengembangkan obat yang dapat menghambat polimerasi replikasi dengan menargetkan RDRP virus SARS-CoV2. Berdasarkan penelitian sebelumnya, gugus nitrogen di cincin inti pirazol memiliki potensi kuat sebagai antivirus COVID-19. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan rancangan senyawa turunan pirazolin yang memiliki aktivitas antivirus yang lebih baik dengan toksisitas yang rendah sebagai kandidat obat COVID-19. Pada metode penelitian ini, dilakukan perancangan struktur dan skrining farmakofor menggunakan Ligandscout, penambatan molekular menggunakan Autodock4 dengan melakukan optimasi validasi energi evaluasi serta prediksi ADMET dan Lipinski Rules of Five.
Berdasarkan hasil pengujian in silico, validasi database aktif dan decoy dilakukan dengan model 5 menghasilkan nilai AUC (1.00) dan EF (4.3) menunjukkan bahwa semua modifikasi turunan pirazolin memiliki kesesuaian geometri berdasarkan fitur farmakofor hits. Validasi docking dilakukan dengan menambahkan energi evaluasi sebesar 25 juta dan muatan pada ion Mg2+ dan Zn2+, sehingga didapatkan hasil RMSD 1.984 A pada ukuran gridbox 35x35x35 A, hasil penambatan molekul menunjukkan nilai energi ikatan bebas (∆G) mopyravir 7 sebesar -14.37 kkal/mol lebih baik dibandingkan favipiravir -12.45 kkal/mol dengan ikatan hidrogen pada residu asam amino mopyravir 7 yaitu U P 20, ASP A 760, ASP A 623, THR A 556, ARG A 553, sedangkan pada favipiravir C T 10, LYS A 545, SER A 759, U P 20, A T 11. Hasil pre-Admet dan Lipinski dari mopyravir 7 dan favipiravir telah memenuhi rentang persyaratan profil farmakokinetik dan kesesuaian obat digunakan untuk oral. Kesimpulannya bahwa perancangan senyawa turunan pirazolin telah berhasil dilakukan dengan optimasi validasi menghasilkan RMSD <2 A dan afinitas yang menunjukkan potensi kuat sebagai kandidat obat antivirus serta profil farmakokinetik dan toksisitas yang baik.
Description
Keywords
COVID-19, SARS-CoV2, Validasi