SIMULASI PENAMBATAN MOLEKUL DAN DINAMIKA MOLEKUL SENYAWA TANAMAN BIDARA UPAS (Merremia mammosa Hal filius) SEBAGAI KANDIDAT ANTIVIRUS SARS-CoV-2
No Thumbnail Available
Date
2020
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS- CoV-2) atau disebut juga penyakit Covid-19 merupakan kasus gangguan pernafasan yang pertama ka muncul di Wuhan, Cina. Salah satu upaya dalam mencegah SARS-CoV-2 adalah vaksinasi dan transfusi plasma yang belum terbukti efektif untuk mengobati penyakit Covid-19. Bidara upas (Merremia mammosa Hal Filius) merupakan tanaman asli Indonesia yang berasal dari keluarga Convolvulaceae yang empiris banyak digunakan sebagai antiinfeksi, antiinflamasi, antioksidan, dan analgetik, senyawa yang telah berhasil diisolasi dan merupakan senyawa identitas dari tanaman ini adalah merremosida dan merupakan senyawa golongan β glikosida, pada penelitian sebelumnya banyak senyawa glikosida diketahui memiliki aktivitas anti virus, sehingga pada penelitian kali ini dilakukan pengujian untuk mengidentifikasi aktivitas anti virus dari senyawa merremosida terhadap virus SARS- CoV-2 secara in silico serta mengidentikasi profil ADME dari senyawa merremosida. Ligand uji yang digunakan adalah 10 jenis senyawa merremosida dan reseptor yang digunakan adalah reseptor RBD spike glikoprotein dari 2 varian virus SARS-CoV-2 dengan PDB ID 6LZG dan 7WBP analisis hasil penambatan molekul dilakukan dengan metode mekanika molekuler dan kemudian dilakukan pengujian dinamika molekul untuk mengetahui ketahanan ikatan antara merremosida dan RBD spike glikoprotein SARS-CoV-2. Dari penelitian ini diketahui bahwa senyawa yang diprediksi memiliki aktivitas terbaik adalah merremosida I untuk virus SARS-CoV-2 dan merremosida F untuk virus SARS-CoV-2 varian omicron. Selanjutnya dilakukan pengujian dinamika molekul untuk kompleks ligand reseptor terbaik dan didapatkan hasil nilai rata-rata RMSD reseptor RBD SARS-CoV-2 dengan ACE2 yaitu 1,75 Ả dan nilai rata-rata RMSD reseptor RBD SARS-CoV-2 dengan merremosida I yaitu 1,80 Ả , nilai rata-rata RMSD reseptor RBD SARS-CoV-2 varian omicron dengan ACE2 yaitu 1,5 Ả dan nilai rata-rata RMSD reseptor RBD SARS-CoV-2 varian omicron dengan merremosida F yaitu 1,52 Ả. Terdapat nilai RMSF > 2 Ả pada semua kompleks yang menunjukkan bahwa kompleks berfluktuasi dipredikasi pada residu N-terminal dan C-terminal. nilai energi ikatan reseptor RBD SARS-CoV-2 dengan ACE2 yaitu -25,49 Kcal/mol, nilai energi ikatan reseptor RBD SARS-CoV-2 dengan merremosida I yaitu -11,72 Kcal/mol , nilai nergi ikatan reseptor RBD SARS-CoV-2 varian omicron dengan ACE2 yaitu -33,71 Kcal/mol dan nilai energi ikatan reseptor RBD SARS-CoV-2 varian omicron dengan merremosida F yaitu -8,12 Kcal/mol. Sehingga dapat disimpulkan bahwa ikatan kompleks RBD-SARS-CoV-2 varian omicron dengan ACE2 merupakan ikatan paling stabil. Pengujian ADME menunjukkan bahwa senyawa merremosida memiliki kemampuan permeabilitas yang rendah, dan senyawa merremosida merremosida F, merremosida G dan merremosida H2 memiliki kemampuan absopsi yang rendah dalam usus. Senyawa merremosida dapat terdistribusi dengan cukup baik kecuali pada merremosida I yang tidak dapat terdistribusi dalam plasma, semua senyawa merremosida kurang terdistribusi ke otak dan sistem saraf pusat. Senyawa merremosida dapat dimetabolisme tubuh dan dieksresikan oleh ginjal.
Description
Keywords
Covid-19, Merremosida, RBD Spike Glikoprotein