Browsing by Author "DIANDRA FIRDIANI UTAMI"

Now showing 1 - 2 of 2
  • No Thumbnail Available
    Item
    EKSPRESI ENZIM DNA POLIMERASE Thermus thermophilus REKOMBINAN PADA Escherichia coli BL21(DE3) SEBAGAI KOMPONEN KIT qRT-PCR UNTUK DIAGNOSIS COVID-19
    (2023-10-02) DIANDRA FIRDIANI UTAMI; Iman Permana Maksum; Saadah Diana Rachman
    COVID-19 merupakan penyakit infeksi saluran pernafasan yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 dan ditetapkan sebagai pandemi oleh WHO. qRT-PCR merupakan metode “gold standard” untuk mendeteksi SARS-CoV-2 karena waktu deteksi yang cepat serta sensitifitas dan spesifisitas yang tinggi. Dalam memenuhi kebutuhan kit qRT-PCR maupun komponennya untuk diagnosis COVID-19, Indonesia masih bergantung pada impor dari negara lain sehingga membutuhkan biaya yang mahal dan waktu yang lama. DNA polimerase adalah suatu enzim yang dihasilkan dari bakteri termofilik Thermus thermophilus. Tth DNA polimerase memiliki dua aktivitas sekaligus yaitu dapat mengkatalisis reaksi polimerisasi dan reaksi transkripsi balik. Enzim Tth DNA polimerase efisien untuk digunakan pada kit qRT-PCR COVID-19 karena menyederhanakan proses deteksi dan mengurangi biaya operasional. Pada penelitian ini, dilakukan optimasi gen dan konstruksi plasmid pD861-His-Tth DNA Pol, transformasi serta ekspresi enzim Tth DNA Polimerase rekombinan secara intraselular dalam inang E. coli BL21(DE3). Hasil penelitian menunjukkan gen His-Tth DNA Polimerase hasil optimasi memiliki nilai CAI 1,00 dan karakter GC 60,64%. Enzim His-Tth DNA Polimerase berhasil diekspresikan pada inang E. coli BL21(DE3) secara intraselular dengan terkarakterisasinya pita protein berukuran 96 kDa. Kondisi optimum untuk ekspresi enzim His-Tth DNA Polimerase yaitu OD untuk memulai induksi dengan L-ramnosa pada OD600 0,4 dan waktu panen pada saat jam ke-4 setelah induksi. Kadar protein total yang didapat setelah optimasi sebesar 3,9095 mg/mL.
  • No Thumbnail Available
    Item
    EKSPRESI ENZIM Tth DNA POLIMERASE REKOMBINAN PADA Escherichia coli BL21(DE3) MELALUI KO-EKSPRESI KOMBINASI CHAPERON GroEL/ES dan Trigger Factor
    (2023-10-02) DIANDRA FIRDIANI UTAMI; Iman Permana Maksum; Sriwidodo
    Penyakit infeksius berbasis virus RNA seringkali menjadi perhatian khusus karena memiliki tingkat infeksi yang tinggi, hal ini didasari pada waktu regenerasi virus RNA yang pendek dan laju evolusi yang cepat, sehingga diperlukan upaya untuk mendeteksi virus tersebut. Metode qRT-PCR merupakan metode gold standar untuk mendeteksi virus karena memiliki waktu deteksi cepat serta sensitifitas dan spesifisitas yang tinggi. Namun, kit qRT-PCR yang beredar dipasaran memiliki harga yang relatif mahal. Penggunaan Enzim Thermus thermophilus DNA Polimerase sebagai kit qRT-PCR dapat menjadi alternatif yang menguntungkan karena memiliki aktivitas ganda yakni sebagai DNA polimerase dan reverse transcriptase sehingga dapat menyederhanakan proses deteksi dan mengurangi biaya operasional. Ekspresi enzim Tth DNA Polimerase pada Escherichia coli seringkali mengarahkan pada pembentukan badan inklusi, karena tingginya laju ekspresi protein pada E. coli tidak diimbangi dengan ketersediaan protein chaperon serta kondisi sitoplasma yang tereduksi sehingga terbentuk badan inklusi yang dapat menurunkan perolehan protein terlarut. Digunakanlah ko-ekspresi chaperon kombinasi GroEL/ES dan Trigger Factor untuk mengatasi kekurangan tersebut. Pada penelitian ini, Gen His-Tth DNA Pol/pG-Tf3 ditransformasi ke dalam inang E. coli BL21(DE3), dilakukan optimasi konsentrasi penginduksi L-arabinosa dan tetrasiklin, serta ekspresi enzim His-Tth DNA Polimerase dengan dan tanpa ko-ekspresi chaperon. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penggunaan ko-eskpresi kombinasi chaperon Trigger Factor dan GroEL-ES pada ekspresi enzim His-Tth DNA Polimerase dengan konsentrasi penginduksi L-arabinosa (5 mg/mL) dan tetrasiklin (10 ng/mL) yang optimum dapat mengurangi pembentukan badan inklusi atau menurunkan fraksi tidak larut sekitar 40 % dengan perolehan His-Tth DNA Pol/pG-Tf3 ko-ekspresi sebesar 2,4540 mg/mL.