Agronomi (S2)

Permanent URI for this collection

https://repository.unpad.ac.id/handle/kandaga/78

Browse

Browsing Agronomi (S2) by Subject "Analisis Sekuensing"

Now showing 1 - 1 of 1
  • No Thumbnail Available
    Item
    ANALISIS SEKUENSING GEN PENYANDI HORMON PERTUMBUHAN LELE LOKAL (Clarias batrachus), LELE DUMBO (Clarias sp) DAN LELE PAITON (Clarias sp)
    (2013-09-05) ALFIAN SYAMSUDIN RIANTORO; Tidak ada Data Dosen; Tidak ada Data Dosen
    Analisis Sekuensing Gen Penyandi Hormon Pertumbuhan Lele Lokal (Clarias batrachus), Lele Dumbo (Clarias sp), dan Lele Paiton (Clarias sp). Penelitian telah dilaksanakan pada bulan April sampai dengan Juni 2013 di Laboratorium Bioteknologi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui karakterisasi gen pertumbuhan ikan lele lokal, lele dumbo dan lele paiton berbasis sekuen penyandi hormon tersebut. Penelitian menggunakan metode eksperimental eksploratif untuk mendapatkan data berupa sekuen gen penyandi hormon pertumbuhan (Growth Hormon/ GH) lele. Amplikon gen penyandi GH lele diperoleh secara eksploratif melalui optimasi proses PCR (Polymerase Chain Reaction). Tahapan penelitian mencakup isolasi RNA, amplifikasi, dan sekuensing. Gen penyandi hormon pertumbuhan ikan yang diperoleh dari hasil isolasi RNA, selanjutnya digunakan sebagai cetakan (template) untuk sintesis DNA hormon tersebut dengan teknik RT-PCR (Reverse Transcription – Polymerase Chain Reaction) menggunakan primer yang mengkopi sekuen open reading frame dari GH ikan tersebut. Hasil amplifikasi gen penyandi hormon pertumbuhan Lele Lokal, Lele Dumbo, dan Lele Paiton dengan primer Cg-F (5’-ATGGCTCGAGTTTTGGTGCTGCT-3’) dan Cg-R (5’-CTACAGAGTGCAGTTGGAATCCAGGG-3’) sekitar 600 bp. Sekuen gen penyandi hormon pertumbuhan lele lokal, lele dumbo, dan lele paiton masing-masing memiliki kemiripan tinggi dengan sekuen asam amino hormon pertumbuhan Clarias batrachus no aksesi AF416486_2 (96%), Clarias gariepinus no aksesi EF411172_1 (96%), dan Clarias gariepinus no aksesi EF411172_1 (96%). Domain fungsional gen GH ketiga lele tersebut dicirikan oleh situs somatotropin-1, dan 2, helix-1 sampai helix-4, N-glikosilasi, residu sistein dan sinyal peptide. Perbedaan variasi sekuen penyandi GH ketiga ikan lele berkaitan dengan perbedaan jumlah asam amino penyusun GH tersebut. Lele lokal tidak sekerabat dengan lele dumbo dan lele paiton, sebaliknya lele dumbo sekerabat dengan lele paiton berdasarkan analisis filogenetik. .