Prediksi Interaksi Senyawa Tanin Ekstrak Gambir (Uncaria Gambir [Roxb]) Terhadap Enzim Muramidase B (Murb) Enterococcus Faecalis Secara In Silico

Abstract

Tingginya prevalensi penyakit pulpa dan periapikal merupakan masalah penting bagi kesehatan gigi dan mulut di bidang kedokteran gigi. Pengobatan penyakit pulpa dan periapikal umumnya dilakukan dengan cara perawatan saluran akar gigi, namun hasil perawatannya seringkali tidak sesuai dengan yang diharapkan. Enterococcus faecalis merupakan bakteri yang berperan dalam kegagalan perawatan saluran akar gigi. Enterococcus faecalis merupakan bakteri Gram positif yang menggunakan enzim Muramidase B (MurB) dalam biosintesis peptidoglikan, yang akan membentuk dinding sel bakteri dan berperan penting dalam melindungi bakteri. Gambir merupakan tanaman herbal yang dimanfaatkan dalam bidang pengobatan dan mengandung senyawa tanin yang memiliki aktivitas antibakteri. Tujuan penelitian ini adalah untuk memprediksi aktivitas antibakteri ekstrak gambir terhadap enzim MurB dibandingkan dengan klorheksidin melalui pendekatan in silico. Enzim MurB diperoleh dari Protein Data Bank (PDB), dan struktur senyawa (tanin dan klorheksidin) diperoleh dari Pubchem. Docking antara dua senyawa (tanin dan klorheksidin) dengan enzim MurB menggunakan Autodock tools dari software Pyrx, dan visualisasi menggunakan Pymol dan analisis 3D menggunakan Biovia. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tanin memiliki afinitas pengikatan lebih dari -7,4 kkal.mol-1 terhadap enzim MurB dan klorheksidin memiliki afinitas pengikatan yang lebih tinggi dibandingkan tanin. Tanin dan klorheksidin memiliki ikatan hidrogen dengan tiga asam amino yang sama, yaitu ARG 159, GLY 123, dan ASN 233. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tanin berinteraksi dengan enzim MurB dan memiliki kemampuan untuk menghambat kerja enzim MurB.

Description

Keywords

Bahan antimikroba, Enzim MurB, Molecular docking

Citation