Ilmu Pertanian (S3)

Permanent URI for this collection

https://repository.unpad.ac.id/handle/kandaga/79

Browse

Browsing Ilmu Pertanian (S3) by Author "Ayi Yustiati"

Now showing 1 - 1 of 1
  • No Thumbnail Available
    Item
    KERAGAMAN GENETIK POPULASI IKAN KELABAU SUNGAI KAMPAR, SIAK DAN ROKAN DI PROVINSI RIAU INDONESIA BERDASARKAN RUNUTAN GEN CO1, SITOKROM B mtDNA DAN METODE TRUSS MORFOMETRIK
    (2019-07-12) NUR ASIAH; Ayi Yustiati; Junianto
    Ikan Kelabau merupakan ikan bernila iekonomis tinggi yang terdapat di Sungai Kampar, Siak dan Rokan, Provinsi Riau Indonesia. Para peneliti menganggap ikan Kelabau sebagai Osteochilus kelabau dan O.melanopleurus. Penelitian bertujuan untuk mengetahui kepastian taksonomi ikan Kelabau melalui identifikasi taksonomi, karakter morfologi melalui truss morfometrik, dan keragaman genetic melalui sitokrom b. Identifikasi taksonomi dilakukan secara morfologi dan molekuler menggunakan barcode DNA gen cytochrome c oxidase sub-unit 1 (CO1). 90 DNA diekstraksi dari jaringan sirip ekor dengan metode kolom. Amplifikasi gen CO1 dengan primer Fish-F1 dan Fish-R1. 707 pb gen mtDNACO1dari 90 runutan diedit kemudian disejajarkan (alignment) dengan ClustalW menggunakan MEGA v7. Hanya 621 bp gen mtDNACO1dari 86 sekuen di BLASTN melalui NCBI dan BOLD System untuk mendapatkan persentase kesamaan dengan data base. Sisi homolog runutan nukleotida dari spesies yang diperoleh dan hasil penelusuran melalui program BLAST, selanjutnya disejajarkan (multiple aligment) dengan menggunakan ClustalW. Identifikasi specimen dilakukan melalui konstruksi pohon kekerabatan dan persentasi indeks kesamaan. Karakter morfologi dari 255 ekor ikan diketahui melalui metode truss morfometrik. Analisis varian satu arah (ANOVA), korelasi kanonikal dan analisis fungsi diskriminan terhadap 21 karakter truss morfometrik menggunakan software SPSS versi 24. Analisis keragaman dan struktur genetic mengunakan gen sitokrom b (Cyt b). Amplifikasi gen Cyt b menggunakan desain primer. Hanya 867 bpgen mtDNACyt b dari 84 runutan dianalisis menggunakan MEGAv7, DNASp, NetWork 5.0 dan Arlequin. Hasil dari urutan barcode gen CO1 konsensus untuk 86 individu memiliki indek kesamaan tinggi (96% -97% di GenBank dan 96,6% -96,76% dalam BOLD system). Jarak nukleotida ikan kelabau berdasarkan model Kimura 2-parameter memberikan hasil: 0,05% antara kelompok dari Sungai Siak dan Kampar, 0,09% antara Sungai Siak dan Rokan dan 0,05% antara Sungai Kampar dan Rokan. Jarak nukleotida di dalam kelompok Sungai Siak (0,09%), Kampar (0,00%) dan Sungai Rokan (0,10%). Berdasarkan truss morfometrik dapat memperlihatkan perbedaan antara populasi Rokan dengan dua populasi lainnya. Karakter penciri ikan kelabau berdasarkan nilai signifikansi wilk-lambda tinggi yaitu karakter A5, A2, A6, B1 dan D4. Karakter yang mendominasi dari bagian kepala hingga ekor. Hasil keragaman genetik menunjukan tingginya keragaman haplotype 0,89 di Siak, 0,76 di Rokan dan 0,21 di Kampar. Keragaman nukleotida 0,00214 di Siak, 0,00187 di Rokan dan 0,00056 di Kampar. AMOVA menunjukkan 89,46% variasi terjadi dalam populasi dan 10,54% variasi terjadi diantara populasi, kelabau merupakan ikan yang tidak bermigrasi dan telah mengalami diferensiasi (ditunjukkan dengan Tajima’s D dan Fu’s). Analisis filogenetik menunjukkan bahwa terdapat 20 haplotype dengan haplotype dominan Hap4 dan Hap5. Hasil identifikasi ikan kelabau secara morfologi dan molekuler adalah Osteochilus melanopleurus. Informasi penting ini berguna untuk merancang perbaikan terkait staregi domestikasi dan konservasi genetik O. melanopleurus di Sungai Kampar, Siak dan Rokan Provinsi Riau Indonesia.